Bei der Hashimoto-Thyreoiditis handelt es sich um eine Autoimmunerkrankung der Schilddrüse (Autoimmunthyreopathie). Die Erkrankung ist durch eine Zerstörung der Schildrüsenzellen charakterisiert, für die verschiedene zelluläre und humorale Immunprozesse verantwortlich sind. Die genauen Auslösemechanismen der Immunreaktion sind noch weitgehend unbekannt.
Die Bildung von mikrosomalen Antikörpern gegen die Schilddrüsen-Peroxidase (Anti-TPO, MAK) und von Antikörpern gegen Thyreoglobulin (Tg-AK) findet in einer Nebenreaktion statt. Bei 10-20% der Patienten werden keine Antikörper gebildet. Fehlende Antikörper schließen daher das Vorliegen einer Hashimoto-Thyreoiditis nicht aus. Anders als beim Morbus Basedow sind die Antikörper hier nicht krankheitsverursachend.